Diskussion kring taxonomi

[Simon]

Jag har Grant et al(2006) som pdf om någon är intresserad. Men den är aningen för stor för att maila. Vet någon hur man kan förminska en pdf?

Här är abstraktet:

ABSTRACT
The known diversity of dart-poison frog species has grown from 70 in the 1960s to 247 at
present, with no sign that the discovery of new species will wane in the foreseeable future.
Although this growth in knowledge of the diversity of this group has been accompanied by
detailed investigations of many aspects of the biology of dendrobatids, their phylogenetic
relationships remain poorly understood. This study was designed to test hypotheses of
dendrobatid diversification by combining new and prior genotypic and phenotypic evidence in
a total evidence analysis. DNA sequences were sampled for five mitochondrial and six nuclear
loci (approximately 6,100 base pairs [bp]; x¯53,740 bp per terminal; total dataset composed of
approximately 1.55 million bp), and 174 phenotypic characters were scored from adult and
larval morphology, alkaloid profiles, and behavior. These data were combined with relevant
published DNA sequences. Ingroup sampling targeted several previously unsampled species,
including Aromobates nocturnus, which was hypothesized previously to be the sister of all other
dendrobatids. Undescribed and problematic species were sampled from multiple localities when
possible. The final dataset consisted of 414 terminals: 367 ingroup terminals of 156 species and
47 outgroup terminals of 46 species.
Direct optimization parsimony analysis of the equally weighted evidence resulted in 25,872
optimal trees. Forty nodes collapse in the strict consensus, with all conflict restricted to
conspecific terminals. Dendrobatids were recovered as monophyletic, and their sister group
consisted of Crossodactylus, Hylodes, and Megaelosia, recognized herein as Hylodidae. Among
outgroup taxa, Centrolenidae was found to be the sister group of all athesphatanurans except
Hylidae, Leptodactyidae was polyphyletic, Thoropa was nested within Cycloramphidae, and
Ceratophryinae was paraphyletic with respect to Telmatobiinae. Among dendrobatids, the
monophyly and content of Mannophryne and Phyllobates were corroborated. Aromobates
nocturnus and Colostethus saltuensis were found to be nested within Nephelobates, and
Minyobates was paraphyletic and nested within Dendrobates. Colostethus was shown to be
rampantly nonmonophyletic, with most species falling into two unrelated cis- and trans-Andean
clades. A morphologically and behaviorally diverse clade of median lingual process-possessing
species was discovered.
In light of these findings and the growth in knowledge of the diversity of this large clade over
the past 40 years, we propose a new, monophyletic taxonomy for dendrobatids, recognizing the
inclusive clade as a superfamily (Dendrobatoidea) composed of two families (one of which is
new), six subfamilies (three new), and 16 genera (four new). Although poisonous frogs did not
form a monophyletic group, the three poisonous lineages are all confined to the revised family
Dendrobatidae, in keeping with the traditional application of this name. We also propose
changes to achieve a monophyletic higher-level taxonomy for the athesphatanuran outgroup
taxa.
Analysis of character evolution revealed multiple origins of phytotelm-breeding, parental
provisioning of nutritive oocytes for larval consumption (larval oophagy), and endotrophy.
Available evidence indicates that transport of tadpoles on the dorsum of parent nurse frogs—
a dendrobatid synapomorphy—is carried out primitively by male nurse frogs, with three
independent origins of female transport and five independent origins of biparental transport.
Reproductive amplexus is optimally explained as having been lost in the most recent common
ancestor of Dendrobatoidea, with cephalic amplexus arising independently three times.

[Simon]

Det finns även andra röster som kritiserar metod och slutsats i Grant et al, t.ex Santos et al (2009). Jag kan maila artikeln om någon är intresserad. Skicka isf ett pm med din mailadress.
Här är en Supplementary text av den samme. Det blir ett par långa inlägg här, men jag tycker det är viktigt att båda sidor kommer fram:

Supplementary Text:
Corrections to Taxonomy
Our phylogenetic analysis found results generally similar to previous phylogenetic hypotheses [22,23]. For the purpose of this paper, some corrections to the Grant et al.’s [23] taxonomy must be made in order to have a nomenclature concordant with well-supported clades, and to avoid ambiguity and subsequent confusion in the literature of this family.
The monophyly of Dendrobatidae (sensu Noble 1926) [114] has always been strongly supported by previous studies [22,23]. The taxonomic split of Dendrobatidae into two families (i.e., Allobatidae and Dendrobatidae) is unnecessary and adds no new information. Grant et al.’s [23] primary reason for the split is the inability to sequester alkaloids (i.e., chemical defense) in Allobatinae or Clade A (Allobatidae sensu Grant et al.). Very few species of Allobatidae have been documented as being unable to sequester alkaloids, and many species of Colostethinae (Clade C) and Hyloxalinae (Clade B) are unable to do so [115,116]. The restriction of Dendrobatidae to include only Colostethinae, Dendrobatinae, and Hyloxinae (Clade C+B+D) is rejected here, because (1) some of the putative synapomorphies are poorly defined, (2) the characterization of some Colostethinae and Hyloxinae as not able to sequester alkaloids is unfounded, because the chemical profile of the vast majority of species is lacking, (3) the alignment and phylogenetic analysis methods used are dubious [117], and (4) repeatead mistakes in their molecular dataset were found (see below). For these reasons, the proposed split is not followed and we return Dendrobatidae to a single family (i.e, Clade A+B+C+D) that includes all members of both of the Grant et al.’s Dendrobatidae and Aromobatidae.
Grant et al. [23] redefined Colostethus to be monophyletic, but did not include the type species Colostethus latinasus in their analysis. We found clear paraphyly of Grant et al.'s [23] redefined Colostethus (indicated by Colostethus 1 and 2, each with high support), which paradoxically still renders Colostethus paraphyletic even after all the proposed taxonomic rearrangements to remove paraphyly. For the moment, we restrict Colostethus to the group of C. latinasus and allies (species in Colostethus 1 clade). Colostethus sensu lato is applied to the aggregate of species found in Colostethus 1 and 2 clades in our phylogeny.
Third, Dendrobates sensu lato (including Adelphobates, Dendrobates, Excidobates, Minyobates, Oophaga, and Ranitomeya) was found to be a well-supported monophyletic group (as it was previously); thus the splitting of Dendrobates into several genera is unnecessary (e.g., Excidobates [118]) and Grant et al. did not provide an unambiguous list of synapomorphies for their generic concepts. Some of the putative synapomorphies for genera used by Grant et al. [23] are ambiguous, and others are problematic; These include those with sequence errors (see below), those that are polymorphic intraspecifically (coloration pattern and alkaloid presence), poorly defined (e.g., advertisement call type), or undetermined in most species (e.g., larvae morphology, chromosome number, alkaloid profile, and type of parental care). Therefore, we synonymize Adelphobates, Excidobates, Minyobates, Oophaga, and Ranitomeya in the genus Dendrobates.
Other minor changes are: (1) Allobates craspedoceps was found within Hyloxalus, so a new combination is proposed: Hyloxalus craspedoceps; (2) Hyloxalus argyrogaster was found with Colostethus sensu lato, so its new combination is Colostethus argyrogaster, and (3) we were able to find remnant populations of Allobates peruensis (closely allied to A. kingsburyi); thus it is a valid name and not a nomen dubium as proposed by Grant et al. [23].
Some discrepancies between our results and those of Grant et al. [23] are explainable by mistakes in their molecular dataset. One set of mistakes possibly came from contamination. For example, the cytochrome oxidase (COX) sequence of Allobates brunneus (GenBank DQ502910) is identical by BLAST search to the paper wasp Polistes dominulus (GenBank DQ172914); similarly, the COX sequence of Allobates femoralis (GenBank DQ502733) is identical to Mediterranean sand smelt fish Atherina hepsetus (GenBank AY290810). Apparently, some tube mislabeling also occurred; as one example, the RAG-1 sequence of Colostethus fraterdanieli (GenBank DQ503373) is identical to Phyllobates bicolor (GenBank DQ503377) and not to other C. fraterdanieli RAG-1 sequences of the same population (GenBank DQ503371-2 and DQ503375). Although we used some sequences from Grant et al. [23] in our analysis, none yielded anomalous results. However, the possibility that other sequences not used by us might come from misidentified specimens remains. For these reasons, we suggest the sequences in Grant et al. [23] require thorough vetting through BLAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/) and other means.

[LarsÖ]

Simon: Du har gjort en mycket god introduktion till denna diskussion.
Min ståndpunkt i korthet:
1. Vi (dvs pilgiftsfolket i Sverige) deltar knappast i den systematiska/taxonomiska diskussionen som pågår internationellt. Vårt intresse är att kunna diskutera med varandra om dessa grodor, utan att behöva sväva i tvivelsmån om vilka vi pratar om. De flesta som är seriösa skaffar sig Lötters et al. Någon annan publikation av motsvarande tyngd och täckning torde inte komma ut under överskådlig tid. All taxonomi är (som påpekats) 'ad hoc' dvs 'tills vidare'. Så låt oss hålla oss till Lötters tills det kommer en revision.
2. Pilgiftaren är inte en strikt vetenskaplig publikation. Vi behöver inte tynga texten med 100% formellt riktiga vetenskapliga namn (med auktor och publiceringsår). Huvudsaken är att vi kan kommunisera med varandra och veta vad den andre menar. Jag hör till dom som tycker att det är praktiskt att säga "pumilio", och "azureus" utan att behöva hänga på släktnamn osv. Det kan ju inte bli några missförstånd i dessa fall. Andra arter har splittats upp på ett sådant sätt att vi måste vara tydligare (tricolor, t ex). Förslagsvis bör några sätta samman en artlista med de giltiga namnen, och med beskrivningar, och lägga upp på hemsidan, så kommer vi att anpassa oss.

/Lars

[lasseg]

Jag håller med om att vi säkert inte sett slutet på den systematiska revideringen av dom grodor vi intresserar oss för. Av praktiska skäl tycker jag att vi ska försöka hålla oss till den nomenklatur som anammats mest inom vår hobbykrets. Just nu verkar den nya nomenklaturen användas mest inom hobbyn, åtminstone i Europa, så jag röstar för förslag 2.
Även om dom DNA prover som ligger till grund för revisionen tydligen blivit kontaminerade av getingar och fiskar från medelhavet...

[Von Seth]

Jag har ingen givande kunskap inom området och låter övriga medlemmarna behålla diskussionen öppen, jag kan ej delta.

[jsl]

Hur ska vi ställa oss till de olika tilläggsnamnen för olika lokaliteter på tex. tinctorius, auratus, pumilo mfl.

Det finns idag namn som inte refererar till lokaliteten utan till utseendet. Är det något vi bör diskutera?

[Simon]

Hur ska vi ställa oss till de olika tilläggsnamnen för olika lokaliteter på tex. tinctorius, auratus, pumilo mfl.

Det finns idag namn som inte refererar till lokaliteten utan till utseendet. Är det något vi bör diskutera?

Det är viktigt, men är nog en annan diskussion eftersom det ligger utanför systematiken. Personligen tycker jag namnen som refererar till utseende istället för lokalitet är ett ofog, men som sagt jag tror det är en annan diskussion.

[Simon]

En intressant detalj om man tittar på de artiklar som finns på http://www.dendrobates.org/publications.html är att de "gamla" namnen används i de artiklar där Kyle Summers står med som författare.
Summers är ändå Summers...

[LarsÖ]

En intressant detalj om man tittar på de artiklar som finns på http://www.dendrobates.org/publications.html är att de "gamla" namnen används i de artiklar där Kyle Summers står med som författare.
Summers är ändå Summers...

Om summers har skrivit om arten X, och den arten numera har splittats upp och dessutom fått nya namn, så är det ju faktiskt av intresse att det framgår att hans namn avser en i princip obestämd groda (obestämd till art, alltså; släktet torde ju vara känt (kanske).
Det är ett inbyggt fel i den taxonomiska praktiken att det inte framgår enligt vilken bestämningslitteratur en artuppgift har tillkommit. Jag minns ett gammalt exempel när en bok om musslor hade förväxlat två avbildningar, så den som som använde den boken konsekvent förväxlade två arter.
För vår del skulle man kunna lösa problemet med en signatur efter en artuppgift ("enl Lötters", "enl Schulte" ...) men det blir lite tungrott.
OBS! Detta är inte vad auktorsuppgiften gör.

Det finns en annan lösning också, men den tar jag vid ett annat tillfälle.

/Lars

[FrankD]

Jag såg nyss att Grant et al. (2006) är fritt tillgänglig, dvs vem som helst kan ladda ner artikeln från http://hdl.handle.net/2246/5803.